La congrégation de Saint-Thomas est religieuse, mixte et ouverte aux laïcs qui désirent s’impliquer dans la pratique et la défense de nos principes.
L’organisation interne de la congrégation est la suivante :
Le novice, laïc ou clerc, partage la vie de dela Congrégation durant une période de probation, au terme de laquelle il peut ou non, faire la demande pour intégrer la Congrégation de façon définitive.
Le frère ou la soeur thomiste a choisi, après le noviciat, la voie religieuse au sein de la Congrégation. La cérémonie d'intronisation se fait en l'église de la paroisse du prieuré où il est rattaché ou en l’église abbatiale de Clermont. Seul le père abbé (ou son remplaçant en cas d'absence) de l'abbaye ou du prieuré peut procéder à la prononciation des voeux du futur frère ou soeur.
L’oblat est un laïc qui, après le noviciat, désire continuer à vivre dans le monde tout en se conformant à la voie thomiste. Il n’est pas religieux et ne peut par conséquent pas assumer les charges de la prêtrise.
Le père ou la mère thomiste est un prêtre ordonné (codé ou ordonné RP avant le codage). Chaque père se doit de veiller à la bonne marche de la Congrégation au sein de celle-ci ou dans le siècle.
Le père abbé ou la mère abbesse est le père supérieur de l’abbaye de Clermont, désigné par l’ensemble des membres religieux de la Congrégation. Le père abbé est en charge de la vie spirituelle et matérielle de l'abbaye. Il peut être secondé dans les prieurés thomistes par un frère une soeur qui assumera cette tâche.
La communauté religieuse qui fonde notre Eglise est affirmée comme une Famille Universelle. L’Amitié Aristotélicienne n’est pas niée mais est posée comme secondaire par rapport à la Famille.
La congrégation est autonome et ne prend ses ordres que de sa sainteté le Pape et de la Curie, sa représentante.
La congrégation pratique une liturgie conservatrice mais cependant calquée sur celle reconnue par la Curie, la reconnaissance de la primauté du Christ sur Aristote étant la distinction principale de la congrégation.
L'appartenance à la congrégation n'est pas exclusive ; les frères, soeurs et oblats thomistes peuvent intégrer d'autres ordres, religieux et laïcs, ou organisation à la condition que leur action ne soit ni criminelle, ni insultante pour la Congégation.
Sa hiérarchie est la suivante :
Le recteur de la congrégation est élu pour une durée limitée [durée], la première fois par les membres du conseil provisoire de l’ancienne Eglise Conservatrice Aristotélicienne (plus Lorgol et Melric, moins feu Himérius et Gandalf), puis par les membres du chapitre, duquel il est membre de droit et qu’il peut convoquer exceptionnellement pour toute question qu’il considère d’importance. Responsable des clercs, sa charge principale est de représenter la Congrégation auprès des autres institutions (duchés/comtés, partis, Vatican, fraternités, guildes ...). Il doit être clerc.
Le prieur général a pour charge principale de révoquer, sanctionner ou suspendre les membres coupables d’irrespect envers la règle de la Congrégation, après proposition au recteur ou au chapitre selon la gravité de la faute. Il est modérateur du forum et peut déléguer aux frères réguliers. Il attribue également les fonctions spéciales telles que brasseur, guérisseur, bibliothécire… et toute autre pouvant apporter bienfaits à la Congrégation. Il est laïc ou clerc.
Le frère casuiste est en charge de des questions d’ordre théologique, il est le garant de la ligne liturgique de la Congrégation. Il ne peut être que clerc.
Les frères réguliers, au nombre indéterminé, se chargent d’assurer l’accueil des hôtes dans les parties communes de l’abbaye et sont là pour rappeler la règle à ceux présents dans les bâtiments de la Congrégation. Ils font également office d’intendants généraux [RP] et assurent également la tenue des registres de l’ordre. A ces titres, ils sont les adjoints du prieur général.
Le frère de la probation est chargé du recrutement des postulants potentiels, de l'accueil de ceux-ci en salle des novices et de guider leur premier pas au sein de la Congrégation.
Le chapitre de la Congrégation est composé des membres du conseil provisoire de l’ancienne Eglise Conservatrice Aristotélicienne (plus Lorgol et Melric, moins feu Himérius et Gandalf), qui désignent ensuite un membre de la Congrégation pour chaque fonction mentionnée ci-dessus. Le chapitre prend l’ensemble des décisions importantes pour la Congrégation et se réunit régulièrement pour établir un point de la situation. Son mode de renouvellement est à déterminer lors de ses premières séances.